Развојот и унапредувањето на регулативата, стандардите и водичите, резултира со интегрирање и континуирано унапредување на Интегрираниот менаџмент систем (IMS). IMS на Алкалоид е важечки систем на корпоративни и специфични процедури и политики за седиштето АЛКАЛОИД АД Скопје и подружниците/канцелариите на Алкалоид. Интегрираниот менаџмент систем се состои од системите на профитните центри односно програмите/подружниците во рамките на Алкалоид и тоа:

• Фармацевтски систем за квалитет во ПЦ Фармација, кој се темели на барањата на cGMP за производство и контрола на безбедни, квалитетни и ефикасни лекови за хумана употреба и меѓународните стандарди ISO 9001,ISO 14001 и ISO 45001, како и ISO 13485 за медицински средства и HACCP за безбедна храна (додатоци на исхрана);

• Систем за квалитет, животна средина и безбедна храна во ПЦ Хемија, Козметика, Билка –програма Билка, кој се темели на барањата на HACCP/General Principles of Food Hygiene (CAC/RCP 1-1969 Rev.4-2003) и HALAL за безбедна храна, меѓународните стандарди ISO 9001 и ISO 14001, ISO 45001, FSSC 22000 (за чаеви)

• Системот за органско производство за органските билни производи на Алкалоид АД Скопје – ПЦ Хемија Козметика Билка - програма Билка, согласно регулативата (EC) No.834/2007 и (EC) No.889/2008, USDA-NOP, ЈAS

• Систем за квалитет во ПЦ Хемија, Козметика, Билка –програма Козметика се темели на барањата на cGMP (за лекови), регулативата 1223/2009/ЕС за производство на козметички производи како и меѓународните стандарди ISO 9001, ISO 14001 и ISO 45001

• Систем за квалитет во ПЦ Хемија, Козметика, Билка –програма Хемија медицински средства се темели на барањата на ISO 13485 и ISO 9001, како и на европската Директива за медицинските средства 93/42/ЕЕC, Директивата 2007/47/ЕС и применливите MEDDEVs;

• Систем за квалитет во ПЦ Хемија, Козметика, Билка –програма Хемија се темели на барањата на меѓународните стандарди ISO 9001; ISO 14001 и ISO 45001

• Фармацевтски систем за квалитет во Алкалоид д.о.о.Белград, Алкалоид Веледрогерија д.о.о.Белград и Алкалоид КОНС ДООЕЛ, кој се темели на cGMP и меѓународните стандарди ISO 9001 и ISO 14001.

• Интегрираниот менаџмент систем на Алкалоид ги обединува сите фирми ќерки/подружници во имплементација на корпоративната функција на компанијата.

Интегрираниот менаџмент систем претставува документиран систем на процесен модел со функционална вредност во рамките на вкупната политика на АЛКАЛОИД АД Скопје. Важни документи се Политиката за Интегриран менаџмент систем (IMS) на АЛКАЛОИД, која е во тесна корелација со визијата и мисијата на компанијата, Прирачникот за IMS, Мастер планот за аспектите на животната средина, процедурите, стандардните оперативни постапки (СОП-ови), упатствата и останатите документи. Целта е задоволство на потрошувачите/корисниците, деловните партнери, вработените и акционерите, како и континуирано подобрување на IMS.